Dyje je ve Vodácké navigaci zpracována ze Znojma až po soutok s Moravou. Jedná se o dva oddělené úseky, které rozděluje vodní nádrž Nové Mlýny.
Ze Znojma do Krhovice je Dyje mírně tekoucí, široká a hodná, vhodná pro začátečníky.
V úseku Krhovice až Hevlín, kde se nachází přírodní rezervace Meandry Dyje, nadchne svými zákruty, pocitem divokosti a odtržení od civilizace. Řeka zde několikrát protne státní hranici s Rakouskem.
Dále je pak možné doplout až do nádrže Nové Mlýny (Pasohlávky či kemp Merkur), kde plavbu ukončíme.
Pod hrází Nové mlýny je pak řeka opět řeka celoročně sjízdná, bez peřejí. Za obcí Bulhary je možné alternativně odbočit na umělý kanál Zámecké Dyje, která protéká Lednicko-valtickým areálem a u Ladné se vrátí zpět do hlavního koryta.
Pod Břeclaví se charaktery Dyje změní.Řeka zde teče z velké části po hranice s Rakouskem. Mírně proudící řeka beze jezů a peřejí protéká opuštěnými lužními lesy se spoustou slepých ramen a kanálů. Nejsou zde občerstvení ani oficiální tábořiště (naberte si předem pitnou vodu). Doplout se dá až do Moravy, vhodné výstupní místo je u mostu jeden kilometr po soutoku s Moravou.